PROYECTOS


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POSICIÓN ABIERTA PARA BECARIX DOCTORAL O POS-DOC:

Título: Ingeniería reversa de protein-quinasas. Biofísica de la transducción de señales a través de membranas biológicas. 

Directora: Larisa Cybulski- Co-directora: Ana Bortolotti Lugar de trabajo: Facultad de Ciencias Bioquímicas- Dto Microbiología.

Se estudiará cómo los cambios en el microambiente de las tirosin-quinasas del tipo EGFR humanas generan alteraciones en la señalización. Cómo podemos utilizar esta información para bloquear o amplificar una señal? Las protein-kinasas controlan las respuestas celulares a diversos estímulos a través de mecanismos de señalización instantáneos y específicos. Dado que la activación y terminación de la respuesta es crítica para la homeostasis celular, la activación o inactivación constitutiva conllevan a un procesamiento aberrante de la información. La ruptura en la capacidad de evocar una respuesta adecuada constituye una fuerza motriz en el desarrollo del cáncer y otras enfermedades. Por lo tanto, el conocimiento de cómo las mutaciones puntuales y el entorno lipídico de estas proteín-quinasas de membrana afectan la señalización representa una contribución valiosa no sólo para estudios básicos de señalización celular, sino también para la investigación en cáncer. A pesar de que alteraciones en la señalización a estímulos hormonales o ambientales constituyen el sello de las células cancerígenas, aún no se comprende cómo ciertas mutaciones afectan las redes de señalización. Se necesitan nuevos abordajes para decodificar por qué ciertas mutaciones perturban estas cascadas de transducción de señales, y para entender los mecanismos por los cuales pueden alterar la homeostasis celular.

Técnicas a utilizar: Mutagénesis, cross-linking, técnicas variadas de Biologóia Molecular, cromatografía gaseosa, cultivos celulares, construcción de bibliotecas para screening de medicamentos.

Perfil de lxs postulantes: Doctorado: estudiantes que podrían graduarse antes del 1 de abril de 2021 que se han formado en la Facultad Cs Bioquímicas, Médicas, Exactas, Agrarias. Post-Doctorado: estudiantes que podrían doctorarse antes del 1 de abril de 2021.

CONTACTO: enviar por mail una breve nota explicando su motivación y CV incluyendo calificaciones obtenidas durante la carrera de grado sin omitir aplazos a: lcybulski@fbioyf.unr.edu.ar , abortolotti@fbioyf.unr.edu.ar

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Delivery de sensores

Actualmente se presenta a la Termogenética como una valiosa herramienta de regulación génica que utiliza a la temperatura para controlar procesos celulares. La misma se comenzó a aplicar en el campo de la neurociencia e ingeniería de tejidos. Haber comprendido la lógica del termosensado de DesK, permite construir, utilizando técnicas de bioingeniería, distintas variantes termosensoras a partir del re-ensamblaje de los motivos térmicos identificados. A partir del modelo molecular obtenido de nuestros resultados desarrollaremos nuevos sensores minimales (con sólo los componentes necesarios y suficientes para la transducción de la señal) para reprogramar con robustez la señalización de nuevos procesos biológicos o utilizarlos como sensores térmicos adaptadores (BioBricks) a otras proteínas de interés.

Biobricks termogenéticos


E. coli es una bacteria ampliamente usada en los bio-reactores como fábrica de proteínas heterólogas. En particular, la sobre-expresión de proteínas de membrana resulta muchas veces tóxica y el rendimiento del bio-reactor disminuye considerablemente, ya que disminuye el crecimiento bacteriano y gran parte de la proteína de interés se pierde en cuerpos de inclusión. Una estrategia simple para evitar la toxicidad por sobre-expresión es disminuir la temperatura al momento de la inducción. La obtención de quimeras entre la región termosensora de DesK y quinasas de E. coli serán de gran utilidad para poder controlar en simultáneo la expresión de proteínas a bajas temperaturas y evitando la utilización de inductores. Esto abarataría los costos de producción en bio-reactores e industrias biotecnológicas.



Estudio del mecanismo de activación de Ire1, kinasa-endoribonucleasa de retículo endoplásmico.


La capacidad de plegamiento de proteínas en el retículo endoplásmico (RE) en células eucariotas está monitoreada por una red de señalización denominada UPR (del inglés: unfolded protein response). La enzima Ire1 (Inositol-requiring enzyme 1) es un sensor transmembrana con actividades quinasa/endoribonucleasa que se activa por distintos estímulos.

La activación de IRE1 promueve su dimerización, lo que estimula la actividad endoribonucleasa, lo que resulta en el clivaje de un mRNA que codifica un factor de transcripción llamado Hac1. El mRNA resultante es traducido para dar un factor transcripcional activo que estimula la expresión de un conjunto de genes bajo el control del promotor UPRE. Se transcriben así varios genes involucrados en la biosíntesis de lípidos, chaperonas para mantener la homeostasis del RE. Sin embargo, una estimulación crónica de esta vía inicia el programa de muerte celular programada (apoptosis). La deficiencia de insulina asociada a la diabetes tipo 2 podría deberse a la muerte de las células pancreáticas, disparada por activación crónica de IRE.



Estudio de las respuestas de tirosin-quinasas del tipo EFGR humanas a alteraciones en la homeostasis lipídica.


Las protein-kinasas controlan las respuestas celulares a diversos estímulos a través de mecanismos de señalización instantáneos y específicos. Dado que la activación y terminación de la respuesta es crítica para la homeostasis celular, la activación o inactivación constitutiva conllevan a un procesamiento aberrante de la información. La ruptura en la capacidad de evocar una respuesta adecuada constituye una fuerza motriz en el desarrollo del cáncer y otras enfermedades. Por lo tanto, el conocimiento de cómo las mutaciones puntuales y el entorno lipídico de estas proteín-quinasas de membrana afectan la señalización representa una contribución valiosa no sólo para estudios básicos de señalización celular, sino también para la investigación en cáncer. A pesar de que alteraciones en la señalización a estímulos hormonales o ambientales constituyen el sello de las células cancerígenas, aún no se comprende cómo ciertas mutaciones afectan las redes de señalización. Se necesitan nuevos abordajes para decodificar por qué ciertas mutaciones perturban estas cascadas de transducción de señales, y para entender los mecanismos por los cuales pueden alterar la homeostasis celular.